A formação de um reservatório e as contribuições de origem antrópica (efluentes domésticos, industriais e contaminantes) podem provocar processos biogeoquímicos que causam interferência nas características dos ambientes aquáticos. Nesse contexto, o diagnóstico e o monitoramento físico-químico, juntamente com o estudo de populações aquáticas, permitem avaliar as possíveis interferências sofridas pelo corpo d’água.
Como parte integrante dos estudos componentes do licenciamento ambiental em suas várias etapas, o Diagnóstico e Monitoramento Limnológico e da Qualidade da Água são realizados por meio de análises físico-químicas, bacteriológicas e hidrobiológicas (fitoplâncton, zooplâncton e zoobentos). Assim, a determinação do estado das águas é feita pela correlação entre os parâmetros avaliados, a partir da qual é possível identificar e evidenciar possíveis fontes poluidoras, alterações ecológicas e propor medidas de mitigação.